1877（明治10）年、西南の役が勃発した際、熊本県庁は戦火を避けるために2月19日の夕方、御船町の万屋-林田能寛の旧宅（現在の池田活版印刷所付近）へと移転しました。これが「熊本県庁跡」の由来となります。
しかし、移転後すぐ、薩摩軍や旧士族らに包囲され、危険を感じた県庁職員たちは、公金や書類を守るために逃げ出しました。そのため、「御船県庁」は2日でその役目を終えました。その後、県庁は、熊本県内の各地を転々とし、最終的には元あった熊本城内に1877年（明治10）年4月16日に復帰しました。